【令和7年改正】通勤手当の非課税限度額引き上げを徹底解説！

1. はじめに

令和7年11月19日、所得税法施行令が改正され、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。この変更は、自動車や自転車で通勤する従業員に影響を与え、企業の給与計算、年末調整業務に直接関わってきます。
本記事では、企業において給与計算や年末調整の実務に対応している方向けに、今回の改正内容、影響を受ける対象者、そして企業担当者が具体的に何をすべきか、についてわかりやすく解説します。

2. 改正の概要

今回の改正により、自動車や自転車などの交通用具を使用して通勤する従業員に支給される通勤手当の非課税限度額が引き上げられます。この改正は令和7年11月19日に公布、同月20日が施行日となります。とくに重要なのは適用時期で、令和7年4月1日以後に「支払われるべき日」が到来する通勤手当から新しい限度額が適用されます。例えば、対象期間が3月分であっても通勤手当の支給日が4月以降であれば新限度額が適用され、逆に対象期間が4月分でも支給日が3月中であれば旧限度額が適用されます。

3. 改正の背景

マイカー通勤者等に対する非課税限度額が、通勤距離に応じて引き上げられることになった背景には、主に二つの大きな要因があります。

1.燃料価格高騰による実費負担の増大

近年の原油価格の高騰や為替変動の影響により、ガソリン代などの燃料費が大幅に上昇しました。
従来の非課税限度額は、燃料費の高水準が続く現在の経済実態にそぐわなくなっており、長距離通勤者を中心に実際の通勤費用が非課税限度額を超過するケースが発生していました。今回の引き上げは、この通勤者の実費負担の増加分を反映させ、税制上の優遇措置を適正化する目的があります。

2.物価高騰対策との連動

政府の物価高騰対策の一環として、通勤者の経済的な負担を軽減し、可処分所得（手取り額）を実質的に増やすという政策的な目的も持っています。また、国家公務員の給与に関する2025年人事院勧告で、自動車等を使用する職員の通勤手当が引き上げられたことを受け、民間の税制もこれに準じて見直されました。この改正により、通勤距離が長いほど、非課税となる金額が大きくなり、特に長距離通勤者の所得税負担軽減に大きく影響することになります。

4. 改正前と改正後の非課税限度額

それでは、今回の改正でなにがどう変わったのかを確認してみましょう。
まずは、変わらないところでは、電車やバスなどの公共交通機関のみを利用する場合や、有料道路を利用する場合の非課税限度額（月額最高150,000円）に変更はありません。
変更があったのは、自動車や自転車などの交通用具を使用している従業員に対する非課税限度額です。具体的な変更内容は以下の通りです。

改正前後の非課税限度額と上げ幅

5. 影響を受ける人

上記表のとおり、今回の改正で直接影響を受けるのは、自動車や自転車などで通勤しており、かつ片道の通勤距離が10km以上の従業員です。通勤距離が10km未満の従業員や、公共交通機関のみを利用している従業員については、今回の改正による影響はありません。

6. 企業担当者の実務的な対応方法

企業担当者が行うべき実務は、主に「賃金規程の変更」、「給与計算システムの設定変更」、「令和7年分年末調整の一部見直し」となります。

6.1. 賃金規程の変更対応

これまでマイカー通勤手当の金額を非課税限度額に合わせていた賃金規程は、今回の改正を受けて賃金規程の変更が必要になります。今回の法改正は2025年4月に遡及適用されますが、通勤手当の支給限度額を4月に遡及して変更するかどうかは、企業判断となります。仮に4月に遡って変更する場合は、差額支給するケースもあり得ます。例えば、もともとの支給日が令和7年4月1日以降であった通勤手当の差額を追加で支払う場合、その差額分には新しい非課税限度額が適用されます。つまり増額後の通勤手当額が、改正後の非課税限度額の範囲内であれば、追加支給する通勤手当は非課税となります。

6.2. 給与計算システムの設定変更

法改正に合わせてマイカー通勤手当を変更する場合は、給与計算システムの設定変更が必須となります。ただし、各種給与システムはまだこの法改正に対応できていないケースが多いと想定されますので、皆様の事業所でご使用中の給与システムや年末調整システムの対応状況を速やかにベンダーにご確認ください。

6.3. 年末調整の見直し対応

今回の改正で特に重要な実務が年末調整です。

1. 年末調整で見直しが必要な対象者

令和7年4月1日から改正政令施行前の11月19日までに支払われた給与では、企業は改正前の低い非課税限度額に基づいて源泉徴収を行っていました。しかし、法律上は4月1日以降に支払われるべき手当から新しい限度額が適用されるため、この期間に以下の①〜③のすべてに該当する場合は、「本来は非課税であったはずなのに課税された」金額が発生している可能性があります。
とはいえ、すべての人が影響を受けるわけではありません。

すでに年末調整の処理を進めている企業も多いと思いますが、上記の①〜③のすべてに該当するケースでは、過大に徴収した所得税（過納となる税額）を従業員に還付するために、年末調整での精算が必要となります。

2. 年末調整の具体的な手順

精算は以下の4つのステップで行います。

ステップ1：新たに非課税となる金額を計算する

令和7年4月以降に支払われた給与で、改正前の限度額を超えて課税対象としていた通勤手当のうち、今回の改正によって新たに非課税となる部分の合計額を計算します。具体的には、対象従業員ごとに4月以降に支払った給与月数を確認し、新旧対照表にある「改正前」の限度額を超えて課税した月額と、「改正後」の限度額を比較して、新たに非課税となる月額を算出します。その月額に対象月数を乗じたものが合計額となります。

ステップ2：源泉徴収簿の余白に記載する

「令和７年分給与所得に対する源泉徴収簿」の余白に、「非課税となる通勤手当」と記載し、ステップ1で計算した金額とその計算根拠を記入します。

ステップ3：源泉徴収簿の「給料・手当等①」を修正する

源泉徴収簿の「年末調整」欄にある「給料・手当等①」の金額を記入する際、年間の「総支給金額」からステップ1で計算した「新たに非課税となった金額」を差し引いた金額を記入します。

ステップ4：修正後の金額で年税額を計算する

ステップ3で算出した、課税対象額が減額された給与総額を基にして、最終的な年税額を計算します。これにより、過大に徴収した税額が精算されます。

国税庁は、この改正内容について、「通勤手当の非課税限度額の改正について」で詳細を案内しています。このページでは、年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例やQ&Aなどの資料、さらに約6分半の解説動画も提供しています。

7. 企業の実務担当者が迷いやすいポイント

企業の実務担当者が迷いやすいポイントを「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆A」から抜粋して記述します。

Q: 改正後の限度額は「いつの給与」から適用？

A: 源泉徴収票の再交付が必要なのは、改正後の非課税限度額を適用することで、新たに非課税となる金額がある場合です。例えば、片道50km通勤の退職者に月30,000円の手当を支払っていた場合、旧限度額28,000円を超えた2,000円が課税されていたが、新限度額32,300円の範囲内となるため、この2,000円が新たに非課税となるケース。このケースでは、正しい「支払金額」に訂正し、「摘要」欄に「再交付」と記載した源泉徴収票を再交付する必要があります。

Q: 給与計算ソフトが源泉徴収簿の余白への記載に対応していません。

A: 年末調整の最終的な年税額が正しく計算されていれば、源泉徴収簿の余白への計算根拠の記載は省略しても差し支えありません。

Q: 源泉徴収票の「支払金額」にはどう書けばよいですか？

A: 年末調整後の源泉徴収票の「支払金額」欄には、非課税となる通勤手当（改正後の限度額を適用した全額）を除いた後の給与総額を記載します。

8. まとめ

今回の通勤手当非課税限度額の引き上げに伴い、企業担当者が行うべきことは以下の4点に集約されます。

1. 就業規則（賃金規程）の通勤手当が非課税限度額と連動している場合は、改正後の限度額に合わせる変更を行う
2. 今後の給与計算への反映： 令和7年11月20日以降に支払う給与からは、新しい非課税限度額を適用して月々の源泉徴収するように給与システムの設定を変更する
3. 過納対象者の特定： 自動車等で片道10km以上通勤しており、かつこれまで非課税限度額を超える通勤手当を支給していた人をリストアップする。
4. 令和7年分年末調整での精算： 4月から改正施行前までに、3の対象者から旧限度額で源泉徴収した過納分を、本記事で解説した手順に沿って計算し、還付する。

9.　複雑な給与計算は、プロにお任せください

給与計算業務は、労働法や税法、社会保険関連法規の知識に加え、今回のような突発的な税制改正にも迅速、正確に対応することが不可欠です。
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